Terminadas las obras de restauración, la apertura del Museo de la Iglesia de San Juan de la Penitencia permitirá el disfrute público de una valiosa colección de bienes artísticos que han sido conservados durante años en la clausura del convento.

Este patrimonio se exhibirá tanto en el espacio dedicado al Museo como en la propia iglesia. La cúpula de la iglesia, cuyo chapitel se derrumbó en 1999, fue reconstruida por la Fundación Caja Madrid siguiendo los sistemas tradicionales del siglo XVII y se reinauguró en octubre de 2006.

Entre los objetos expuestos en la Iglesia destacan, además de valiosos lienzos de los siglos XVII y XVIII -entre ellos, una de las mejores obras pictóricas religiosas que se exhiben en Alcalá, la Inmaculada Concepción de José Antolinez-, un objeto de especial resonancia histórica: el báculo Nazarí, también conocido como Bastón de Cisneros. Entre otros muchos objetos sacros de relevancia albergados en el Museo se encuentran un Cáliz Limosnero de plata donado por Felipe II a la congregación religiosa, una Custodia de Sol del siglo XVII realizada en un obrador alcalaíno, la escultura de un Niño Jesús Peregrino de finales del XVII donado por una familia de la ciudad, un Acetre para agua bendita del siglo XVI elaborado  en el Virreinato de México y una excepcional Arqueta filipina del mismo siglo, con incrustaciones de nácar y plata labrada.   

El nuevo museo es el fruto de la colaboración entre la Fundación Caja Madrid y la Asociación para la Recuperación del Convento e Iglesia de las Clarisas de San Juan de la Penitencia.